La alteración más característica del síndrome de Moebius es la falta de movilidad de la musculatura facial, producida por la alteración bilateral del nervio facial o VII par craneal. Esto genera inexpresividad en la cara, siendo clave la ausencia de la sonrisa y del llanto del niño, produciendo la expresión de "cara de máscara".
La afectación del nervio facial no siempre es completa, casi en la mitad de los afectados la alteración del nervio facial es asimétrica, siendo característico que sea más significativo en la zona superior de la cara (frente, cejas y párpados).
